1、总则：明确制定办法的目的，即加强基本建设项目管理、规范建设程序、提高决策水平和投资效益，规定本办法适用于部机关及部属事业单位。
2、项目申报审批：详细阐述了基本建设项目的储备库建立、项目单位的前期工作、项目建议书、可行性研究报告和初步设计的编制与报送流程，以及总投资估算超过一定百分比或发生重大变更时的处理方式，还涉及了不同投资规模项目的建议书、可行性研究报告、初步设计（概算）的审批权限。
3、项目实施和监管：包括项目法人责任制、招投标制、工程监理制、合同管理制等制度的执行要求，以及项目建设情况报告制度、财务独立核算制度、工程结算与决算制度、档案管理制度等具体规定，这些制度旨在确保项目的顺利实施和有效监管。
4、附则：规定了除本办法外的其他管理规定，如利用自筹资金建设的基本建设项目的管理参照本办法执行，部属社会团体基本建设管理也参照本办法执行，废止了旧的管理办法。
环保部建设项目管理办法是一个全面、系统的文件，它涵盖了建设项目从申报到审批、实施到监管的全过程，为环保部门的项目管理提供了明确的指导和规范。
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