疫情应对组织协调部门更名可能会产生多方面的影响，以下是一些常见的影响：
积极影响
职能优化与聚焦
明确职责边界：通过更名可以使部门的职能更加清晰和明确，避免与其他部门在疫情防控工作中出现职责交叉或模糊不清的情况，将涉及疫情防控物资调配、储备管理的职能从其他综合性部门分离出来，单独设立“疫情防控物资保障部”，使该部门专注于疫情防控物资的筹集、分配、存储和管理等工作，提高物资保障的效率和精准度。
强化核心职能：更名后的部门名称往往能够更准确地反映其核心职能，有助于部门集中精力和资源，深入开展相关工作，将“疾病预防控制中心”更名为“公共卫生与疾病预防控制中心”，突出了其在公共卫生领域的综合管理和服务职能，不仅包括疾病预防控制，还涵盖了健康教育、环境卫生监测、食品安全管理等多个方面，使部门能够在更广泛的领域发挥作用，提升公共卫生整体水平。
提升专业形象和权威
增强专业性认知：一个准确、专业的部门名称能够向社会公众和相关机构传达出该部门在疫情防控方面的专业性和权威性。“传染病防控应急指挥部”这样的名称，直接表明了该部门是专门负责应对传染病疫情的应急管理机构，让人们对其在疫情防控中的专业能力和作用有更清晰的认识，从而增加对部门工作的信任和支持。
便于国际合作与交流：在国际疫情防控合作中，专业、规范的部门名称有助于与其他国家和地区的相关机构进行对接和沟通，当与世界卫生组织（WHO）或其他国际卫生组织交流疫情防控经验、共享信息时，具有明确、专业名称的部门更容易被国际社会所理解和认可，有利于开展国际合作项目，获取更多的技术支持和资源共享。
适应形势变化和发展需求
反映工作重点转变：随着疫情的发展和防控工作的推进，不同阶段的工作重点可能会发生变化，部门更名可以及时反映这些变化，使部门的职能与新的工作重点相匹配，在疫情初期，防控的重点主要是阻止病毒传播、救治患者，相关部门可能主要侧重于医疗救治和流行病学调查；而到了后期，随着疫苗的研发和接种工作的开展，部门的工作重点逐渐转向疫苗接种组织实施、免疫屏障构建等方面，将部门名称相应地调整为更能体现疫苗接种工作职能的名称，如“新冠疫苗接种工作领导小组办公室”，能够更好地适应工作重点的转变。
推动体制机制创新：部门更名有时也伴随着内部组织结构和管理机制的调整和优化，这可以为疫情防控体制机制的创新提供契机，促进各部门之间的协同配合和资源整合，将原本分散在不同部门的疫情防控相关职能整合到一个新成立的“公共卫生应急管理局”中，实现统一指挥、协调和管理，能够打破部门壁垒，提高应急响应速度和工作效率。
消极影响
认知和沟通成本增加
内部认知混乱：部门更名可能会导致内部工作人员在短时间内对新名称和新职能的认知不够清晰，需要一定的时间来适应和理解，这可能会影响部门内部的工作衔接和协作效率，增加沟通成本，一些工作人员可能已经习惯了原部门的名称和工作流程，突然更名后，在文件传递、会议安排、工作汇报等环节可能会出现混淆或误解的情况。
外部沟通障碍：对于其他部门、社会公众以及相关合作伙伴来说，部门的更名可能需要重新建立认知和联系，在信息传递和沟通协调过程中，可能会出现找不到对应的对接部门或人员、对新部门职能不了解等问题，从而影响疫情防控工作的整体推进，企业在申请复工复产审批时，可能不知道应该向哪个更名后的部门提交申请材料，导致审批进度延迟。
工作连续性和稳定性受到一定冲击
业务衔接问题：尽管部门更名是为了更好地适应疫情防控的需要，但在实际运作过程中，可能会对一些正在进行的业务工作产生一定的影响，在部门更名前已经启动的一些疫情防控项目或工作计划，可能需要重新调整责任主体和工作流程，以确保顺利推进，如果衔接不当，可能会出现工作中断、延误等情况。
人员心理波动：部门的更名可能会引起部分工作人员的心理波动和不安情绪，担心自己的工作岗位和职责会发生变化，或者对未来的工作方向感到迷茫，这种心理状态可能会影响工作人员的工作积极性和工作效率，进而对疫情防控工作产生不利影响。
