女老师性侵男学生的案件处理流程通常包括刑事诉讼和行政处罚两个主要阶段，具体如下：
刑事诉讼:
- 根据《中华人民共和国刑法》，如果女老师的行为构成犯罪，如强奸罪或猥亵儿童罪等，将依法进行刑事追究，案件将由公安机关立案侦查，检察院提起公诉，最后由法院审判。
- 对于性侵犯罪，根据情节轻重，法院可能判处不同程度的刑罚，包括有期徒刑、无期徒刑甚至死刑。
行政处罚:
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- 在刑事责任之外，涉事教师还可能面临行政处分，如开除公职、吊销教师资格证等，教育部及相关部门会根据《事业单位工作人员处分暂行规定》等规定，对违反职业道德的教师给予相应的纪律处分。
- 学校也可能根据内部管理规定，对涉事人员进行额外的纪律处分，如记过、降级、停职等。
这些法律规定和措施旨在保护未成年人的身心健康，维护教育领域的正常秩序和社会的道德底线。
